燃油濾清器都是采用過濾式濾清。在早期，汽油濾清器的濾芯有金屬片縫隙式、金屬濾網式、尼龍布式、多孔陶瓷式等幾種；柴油濾清器的濾芯有筒式毛氈式、尼龍布式、棉紗式等幾種。這些濾芯通過性能好，使用壽命長，但普遍存在濾清效率低、結構復雜、成本高、保養不便等缺點，已逐漸被淘汰。
目前，汽油濾清器和柴油濾清器都普遍采用微孔紙質濾芯，經酚醛樹脂處理，制成折疊筒式，具有通過性能好、濾清效率高、結構簡單、成本低、保養容易等優點。